明治11年，日本东京。一名自称刽子手拔刀斋的男人出现在街头，他毫无理由地斩杀路人，引得人心惶惶。从先父手中继承了神谷道场的美丽女孩神谷薫不顾个人安危，鲁莽地走上街头寻找拔刀斋，危难关头，幸亏一个路过的男人将其救下。而这个男人，正是消失了已久的拔刀斋本人---绯村剑心。自明治维新成功以来，他立下绝不再杀害一人的誓言，隐姓埋名，带着一把逆刃刀独自在各地流浪。而假冒拔刀斋之名作恶的，则是受雇于黑心实业家武田观柳的保镖鹈堂刃卫。武田光鲜的外表下包藏着统治世界的野心，为此他操纵女医师高荷惠制作鸦片，并用贩毒赚来的巨款四处购买武器。武田的罪恶勾当早已引起前幕府新选组成员斋藤一---现任明治政府警官藤田五郎--的注意，但是在武田有实际行动之前他无法直接插手。与此同时，武田图谋攫取神谷道场附近的土地，为此他不惜残杀当地的百姓....